- Trường được xây dựng vào năm 1874 và hoàn tất vào năm 1877. Lúc đầu trường có tên Collège Chasseloup Laubat. Sau năm 1954 trường mang tên Jean Jacques Rousseau do người pháp quản lý. Đến năm 1967, trường được trả lại cho người Việt Nam và trở thành trung tâm giáo dục Lê Quý Đôn.
- Trường THCS Lê Quý Đôn chính thức được thành lập kể từ năm học 1980 -1981. Trường nằm giữa 2 con đường Võ Văn Tần và Lê Quý Đôn là nơi đã chứng kiến sự hình thành và phát triển của một ngôi trường tính đến nay dã tròn 134 năm tuổi.
- Trường THCS Lê Quý Đôn Q.3 TP.HCM tên trường là tên của nhà bác học nổi tiếng Lê Quý Đôn.
au 30 năm (tính từ lúc lấy tên trường THCS Lê Quý Đôn đến nay) là một chặng đường dài đầy cam go thử thách đối với sự đi lên của một ngôi trường và những cá nhân và sự lãnh đạo sáng suốt đã đưa trường trở thành bậc nhất trên TP.HCM và rộng hơn là toàn lành thổ Việt Nam và một số nước trong khu vực.
- Cuộc sống luôn hướng về phía trước những gì đạt được của ngày hôm nay luôn là khởi điểm của ngày mai. Ngôi trường THCS Lê Quý Đôn mãi mãi là mảnh vườn mà mỗi thầy cô là những người làm vườn tri thức nhiệt tình. Với khao khát trồng người bằng cả tấm lòng yêu thương đầy nhiệt tâm “những người làm vườn tri thức’ ấy sẽ luôn vun đắp để mãnh vườn Lê Quý Đôn của chúng ta mãi sum suê hoa trái của ước mơ.